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易基因m6A RNA甲基化測(cè)序（MeRIP-seq）研究快速出成果，自送樣到見(jiàn)刊僅90天
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近日，福建醫(yī)科大學(xué)朱安團(tuán)隊(duì)利用m6A甲基化測(cè)序及對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組分析研究胡蔓藤堿乙（Humantenine）對(duì)人結(jié)腸癌細(xì)胞HCT116的 mRNA m6A修飾及表達(dá)的影響。研究成果以“Effect of Humantenine on mRNA m6A Modification and Expression in Human Colon Cancer Cell Line HCT116”為題在《Genes》期刊發(fā)表。易基因?yàn)楸狙芯刻峁㎝eRIP-seq和RNA-seq服務(wù)。
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摘要：
胡蔓藤堿乙（Humantenine）是一種從藥用草藥鉤吻（學(xué)名:Gelsemium elegans(Gardner & Chapm.) Benth.）中分離出來(lái)的生物堿。據(jù)報(bào)道會(huì)引起腸道刺激，但潛在的毒理學(xué)機(jī)制仍不清楚。本研究旨在研究經(jīng)Humantenine處理的人結(jié)腸癌細(xì)胞系HCT116中的 RNA m6A 修飾和不同的 mRNA 轉(zhuǎn)錄組圖譜。作者通過(guò)高通量的MeRIP-seq和對(duì)應(yīng)的mRNA-seq分析，揭示了異常的RNA m6A修飾和mRNA表達(dá)在Humantenine誘導(dǎo)的腸細(xì)胞毒性中的作用。結(jié)果發(fā)現(xiàn)HCT116細(xì)胞經(jīng)Humantenine處理后，差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達(dá)中有1401個(gè)重疊基因。KEGG通路和GO富集分析結(jié)果表明，細(xì)胞骨架(actin cytoskeleton)、緊密連接(tight junctions)、粘著連接(adherens junctions)富集，共有11個(gè)RNA m6A甲基化調(diào)控因子出現(xiàn)差異表達(dá)，Humantenine組中靶基因的m6A甲基化發(fā)生紊亂。綜上所述，本研究提示Humantenine誘導(dǎo)的HCT116 細(xì)胞損傷與mRNA m6A 調(diào)控因子異常表達(dá)及靶基因m6A甲基化水平紊亂相關(guān)。
圖：Humantenine誘導(dǎo)與緊密連接、粘附連接和細(xì)胞骨架調(diào)控相關(guān)基因的異常m6A甲基化，破壞mRNA 翻譯、儲(chǔ)存和衰變
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方法：
人結(jié)腸癌細(xì)胞系 HCT116在9cm培養(yǎng)皿中培養(yǎng)，經(jīng)Humantenine處理48小時(shí)后，將細(xì)胞在PBS中洗滌兩次，用裂解液裂解后提取總RNA，在深圳市易基因科技有限公司進(jìn)行高通量m6A MeRIP-seq和mRNA-seq。
結(jié)果圖形：
（1）HCT116 細(xì)胞經(jīng)Humantenine處理后的MeRIP-seq和 RNA-seq分析
圖1：Humantenine組和對(duì)照組的 m6A 修飾模式
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（2）差異甲基化基因和差異表達(dá)基因分析
圖2：Humantenine組和對(duì)照組的差異m6A甲基化修飾基因和差異表達(dá)基因
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（3）差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達(dá)重疊基因的KEGG和GO分析
圖3：1401個(gè)差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達(dá)重疊基因的KEGG通路分析(左)和GO富集分析(右)
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（4）差異甲基化基因的潛在RNA m6A調(diào)控因子
圖4：富集基因與差異表達(dá)RNA m6A甲基化調(diào)控因子間的關(guān)系
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（5）Humantenine 與不同表達(dá)的RNA m6A 修飾調(diào)控因子的分子相互作用
圖5：Humantenine與不同表達(dá)的RNA m6A修飾調(diào)控因子分子相互作用
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結(jié)論：
本研究繪制了經(jīng)Humantenine處理的HCT116人結(jié)腸癌細(xì)胞的mRNA m6A修飾和表達(dá)圖譜。mRNA m6A調(diào)控的異常表達(dá)和靶基因紊亂的m6A甲基化水平，破壞了mRNA的穩(wěn)定、翻譯、儲(chǔ)存和衰變。本研究揭示了Humantenine誘導(dǎo)的腸道通透性增加的可能機(jī)制。
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關(guān)于MeRIP-seq
MeRIP通過(guò)m6A特異性抗體富集和測(cè)序，用于研究RNA的腺苷甲基化修飾。易基因自主研發(fā)微量RNA甲基化檢測(cè)技術(shù)，樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需5μg總RNA。
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關(guān)于m6A研究思路
（1）整體把握m6A甲基化圖譜特征：m6A peak數(shù)量變化、m6A修飾基因數(shù)量變化、單個(gè)基因m6A peak數(shù)量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修飾基因的功能分析
（2）篩選具體差異m6A peak和基因：差異m6A peak鑒定、非時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、時(shí)序數(shù)據(jù)的分析策略、差異m6A修飾基因的功能分析、差異m6A修飾基因的PPI分析、候選基因的m6A修飾可視化展示
（3）m6A甲基化組學(xué)&轉(zhuǎn)錄組學(xué)關(guān)聯(lián)分析：Meta genes整體關(guān)聯(lián)、DMG-DEG對(duì)應(yīng)關(guān)聯(lián)、m6A修飾目標(biāo)基因的篩選策略
（4）進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)
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參考文獻(xiàn)：https://doi.org/10.3390/genes13050781
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本文摘自 ：https://www.cnblogs.com/
