基于糞便DNA的藏狐微衛(wèi)星位點(diǎn)篩選及個(gè)體識(shí)別(英文)

摘要： 藏狐是我國青藏高原東部多房棘球絳蟲和石渠棘球絳蟲最主要的野生動(dòng)物終末宿主。棘球絳蟲會(huì)導(dǎo)致一類稱為棘球絳蟲病的致死性人獸共患疾病,青藏高原東部牧區(qū)是該病重要的流行區(qū)。因此作為終末宿主,評(píng)估藏狐種群的棘球絳蟲感染率對于該病的流行病學(xué)研究意義明顯。而要獲取這方面信息,首先必須了解藏狐的種群數(shù)量。為此,我們基于非損傷取樣的原則,使用藏狐新鮮糞便作為研究材料,從已發(fā)布的藏狐及近緣種的48個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中篩選了11個(gè)用于藏狐糞便DNA多態(tài)性分析。對2011-2012年7-8月間收集的128份有效藏狐糞便樣品(2011年68份,2012年60份)進(jìn)行特異性PCR擴(kuò)增,并用瓊脂糖凝膠電泳和熒光引物標(biāo)記法進(jìn)行基因分型,根據(jù)各位點(diǎn)的等位基因頻率計(jì)算出各位點(diǎn)的基因型數(shù)(N),期望雜合度(H e)、觀測雜合度(H o)、多態(tài)信息含量(PIC)以及不同個(gè)體基因型相同概率值(PI)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),各位點(diǎn)N介于4-7,H e為0.66-0.80,H o為0.17-0.68,PIC為0.5496-0.7623。11個(gè)位點(diǎn)的累積PI值滿足個(gè)體識(shí)別的需要(PI biased=1.283×10-11;PIsibs=7.572×10-5)。但是,由于糞便DNA質(zhì)量差異較大,不同位點(diǎn)的擴(kuò)增成功率差異較大(0.176-0.926)。我們發(fā)現(xiàn),按照擴(kuò)增成功率由高到低排列,前6個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)(P03,CXX172,CPH6,CPH8,P01i,P08)的擴(kuò)增成功率均超過0.6,且累積PI值小于0.004(PI biased=2.775×10-7;PI sibs=3.606×10-3),表明這6個(gè)位點(diǎn)可以對藏狐進(jìn)行個(gè)體識(shí)別。因此,針對本研究的數(shù)據(jù),制定了如下的個(gè)體識(shí)別原則:(1)只有糞便DNA至少成功擴(kuò)增出前6個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的樣品可以進(jìn)入下一步分析;(2)所有位點(diǎn)的信息均相同的兩個(gè)樣品被認(rèn)為是來自同一個(gè)體;(3)保險(xiǎn)起見,如果僅有一對位點(diǎn)信息不相等,此兩個(gè)樣品依然被判定來自同一個(gè)體。在此基礎(chǔ)上,我們從2011年樣品中識(shí)別出30個(gè)藏狐個(gè)體,從2012年樣品中識(shí)別出21個(gè)個(gè)體。 （共6頁）