聚類和拼接的目的就是將來自同一個(gè)基因的具有重疊部分(over-lapping)的EST整合至單一的簇(cluster)中。通過聚類和拼接,可產(chǎn)生較長的一致性序列(consensussequence),便于進(jìn)行注釋;降低數(shù)據(jù)的冗余,糾正測序錯(cuò)誤,用于檢測選擇性剪切(alterna...[繼續(xù)閱讀]

    基因注釋即利用BLAST等序列聯(lián)配工具,通過將聚類和拼接所產(chǎn)生的一致性序列與已知的非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(nr)、非冗余核酸數(shù)據(jù)庫(nt)、蛋白質(zhì)功能結(jié)構(gòu)域(domain)和基序(motif)等二級(jí)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行同源比對(duì),從而賦予這些一致性序列一定的...[繼續(xù)閱讀]

    從大規(guī)模EST測序分析數(shù)據(jù)可以發(fā)現(xiàn)大量新基因,除此以外其產(chǎn)生的序列和功能信息,還可用于進(jìn)行比較基因組學(xué)分析、基因表達(dá)譜分析和選擇性剪切分析等。EST測序分析以其快速、低廉、直觀的優(yōu)勢,成為連接結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和功能基因...[繼續(xù)閱讀]

    1.AdamsM,VenterJCetal.ChromosomalDistributionof320GenesfromaBraincDNALibrary.NatureGenetics,1993,4(4):381～3862.AdamsM,JennyM,Kelleyetal.ComplementaryDNASequencing:ExpressedSequenceTagsandHumanGenomeProject.Science,1991,252(5013):1651～1656...[繼續(xù)閱讀]

    大多數(shù)人已經(jīng)習(xí)慣在個(gè)人計(jì)算機(jī)上工作,對(duì)窗口界面、字處理程序甚至一些數(shù)據(jù)分析軟件包非常熟悉。但是隨著基因組學(xué)研究的快速發(fā)展,EST數(shù)據(jù)的爆炸性增長,常用的個(gè)人電腦已不能滿足處理基因組大量數(shù)據(jù)和進(jìn)行核苷酸及氨基酸復(fù)...[繼續(xù)閱讀]

    EST數(shù)據(jù)分析計(jì)算中最常用的是簡單的序列比對(duì),對(duì)于少量且簡單的運(yùn)算,個(gè)人電腦在性能上不會(huì)輸給昂貴的服務(wù)器太多。EST數(shù)據(jù)分析所需計(jì)算機(jī)的基本配置:●處理器:486及以上CPU●內(nèi)存:256MB以上●硬盤:20G以上當(dāng)處理數(shù)據(jù)較多或所做分析...[繼續(xù)閱讀]

    Cluster技術(shù)是近10年來興起的一項(xiàng)高性能計(jì)算技術(shù),可用于科學(xué)研究系統(tǒng)的搭建,因此在EST數(shù)據(jù)分析中被廣泛采用。Cluster系統(tǒng)由一組獨(dú)立/完整的計(jì)算機(jī)互聯(lián)組成,是一種并行系統(tǒng)或分布式系統(tǒng),提供完整的計(jì)算資源。在體系結(jié)構(gòu)上具備高...[繼續(xù)閱讀]

    優(yōu)良的服務(wù)器應(yīng)具有高可靠性和高穩(wěn)定性,易于管理和維護(hù),盡量少出故障或死機(jī)。承擔(dān)連續(xù)不斷的工作,尤其是在大規(guī)模EST數(shù)據(jù)分析過程中,許多程序都在服務(wù)器上運(yùn)行,一旦服務(wù)器發(fā)生故障,將會(huì)造成大量數(shù)據(jù)丟失,產(chǎn)生不可估量的損失...[繼續(xù)閱讀]

    和微型機(jī)有所區(qū)別,大型機(jī)通常是指安裝在帶框鐵盒子里的大型計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。如system/360開始的一系列的IBM計(jì)算機(jī),Amdahl,HitachiDataSystems(HDS)制造的兼容系統(tǒng)等。大型機(jī)在結(jié)構(gòu)上通過開發(fā)處理器中各個(gè)層次的并行性和軟硬件協(xié)同來提高性...[繼續(xù)閱讀]

    操作系統(tǒng)為它們的程序運(yùn)行、打開文件、讀文件、分配存儲(chǔ)區(qū)等提供服務(wù)。對(duì)于多用戶計(jì)算機(jī)系統(tǒng)而言,Unix是一個(gè)功能強(qiáng)大的操作系統(tǒng)。它已經(jīng)存在了30年之久,近年來,Unix不斷優(yōu)化:增強(qiáng)了計(jì)算機(jī)之間的網(wǎng)絡(luò)功能;初始化多個(gè)異步工作...[繼續(xù)閱讀]