1.基因組及基因組重測(cè)序基因組是一個(gè)細(xì)胞或者生物體所攜帶的一套完整的單倍體序列,包括編碼序列和非編碼序列在內(nèi)的全部DNA 分子。核基因組是單倍體細(xì)胞核內(nèi)的全部DNA 分子,線粒體基因組是一個(gè)線粒體所包含的全部DNA 分子,葉綠...[繼續(xù)閱讀]

    1.ChIP-Seq研究蛋白質(zhì)與DNA 互作的主要技術(shù)是染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(chromatin immunoprecipitation,ChIP),也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法。該技術(shù)通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或者組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP 與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq 技術(shù)...[繼續(xù)閱讀]

    1.MeDIP-Seq MeDIP-Seq(methylated DNA immunoprecipitation sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀測(cè)序,是基于免疫富集原理進(jìn)行的全基因組DNA 甲基化研究方法,它是通過5′-甲基胞嘧啶(5mC)抗體將基因組中的DNA 甲基化區(qū)域富集后進(jìn)行二代高通量測(cè)序,從而...[繼續(xù)閱讀]

    1.蛋白質(zhì)序列測(cè)定測(cè)定蛋白質(zhì)序列,常用的是蛋白質(zhì)譜技術(shù)。簡(jiǎn)單來說,蛋白質(zhì)譜技術(shù)就是一種將質(zhì)譜儀用于研究蛋白質(zhì)的技術(shù)。目前,它的基本原理是蛋白質(zhì)經(jīng)過蛋白酶的酶切消化后形成肽段混合物,在質(zhì)譜儀中肽段混合物電離形成帶...[繼續(xù)閱讀]

    在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)中,接近90%的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)是用X 射線晶體衍射學(xué)的方法測(cè)定的。大約9%的已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)是通過核磁共振技術(shù)來測(cè)定的。1.X 射線晶體衍射X 射線晶體衍射可以利用電子對(duì)X 射線的散射作用,獲得晶體中電子密度的分布情...[繼續(xù)閱讀]

    1.生物信息的類型有哪些?2.第二代測(cè)序有哪些主流的測(cè)序技術(shù)? 簡(jiǎn)述這些測(cè)序技術(shù)的原理。3.第二代測(cè)序技術(shù)相比于第一代Sanger 測(cè)序技術(shù)有何不同?4.第三代測(cè)序技術(shù)有哪些?5.什么是基因組重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和小RNA 測(cè)序?6.檢測(cè)蛋白質(zhì)...[繼續(xù)閱讀]

    表1-2.1　分子生物信息數(shù)據(jù)庫總表分子生物信息數(shù)據(jù)庫是生命科學(xué)數(shù)據(jù)信息庫的集合,種類繁多(表1-2.1),主要有基因組、核酸和蛋白質(zhì)三類一級(jí)數(shù)據(jù)庫,生物大分子三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,以及以上述三類一級(jí)數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)為基礎(chǔ)的二級(jí)數(shù)...[繼續(xù)閱讀]

    所謂格式是對(duì)信息描述的統(tǒng)一規(guī)范,規(guī)范的格式為數(shù)據(jù)的收集、整理、交流和應(yīng)用提供了方便。分子生物信息數(shù)據(jù)庫的格式很多,較為常見的包括FASTA、FASTQ、GBFF、GFF 格式,下面主要對(duì)這幾種格式進(jìn)行介紹。FASTA 格式主要分兩部分(圖...[繼續(xù)閱讀]

    1.數(shù)據(jù)庫的冗余在進(jìn)行DNA 和蛋白質(zhì)序列分析時(shí),碰到的一個(gè)棘手問題是數(shù)據(jù)庫的冗余(redundancy)。DNA 和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的很多記錄是屬于同一基因和蛋白質(zhì)家族,或在不同生物體上發(fā)現(xiàn)的同源基因。不同的研究機(jī)構(gòu)可能向數(shù)據(jù)庫遞交了...[繼續(xù)閱讀]

    DNA/RNA 序列構(gòu)成了一級(jí)數(shù)據(jù)庫的主體部分。目前,國際上有三個(gè)主要核苷酸序列公共數(shù)據(jù)庫(表1-2.4):位于英國劍橋的歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室(EMBL)下的歐洲核苷酸檔案庫(European Nucleotide Archive,ENA);位于美國國家衛(wèi)生研究院(NIH)的美國國家生...[繼續(xù)閱讀]