序列的組裝主要是通過計算機(jī)和基因組拼接軟件包Phred-Phrap來完成的(詳見第5章)。根據(jù)已測序的亞克隆片段之間的重疊序列和堿基的可靠程度,通過一定的參數(shù)設(shè)置,可以將這些亞克隆序列組裝成重疊群,在4～5倍測序覆蓋度下,即可得到...[繼續(xù)閱讀]

    從基因組工作框架圖雖然可以獲得許多基因組的基本信息,但基因組序列的覆蓋度和堿基的精度都不夠,這主要是由測序的覆蓋度、文庫的隨機(jī)性、物理空洞及重復(fù)序列等諸多因素所造成。為了更好地對基因組進(jìn)行深入的研究,需要進(jìn)...[繼續(xù)閱讀]

    通常使用超聲波打斷或機(jī)械剪切的物理方法打斷基因組DNA,選取一定大小的DNA片段(一般在2～3kb),以高拷貝的質(zhì)粒載體pUC18為載體,構(gòu)建文庫。為提高文庫的片段隨機(jī)性,可制備不同插入片段大小的文庫(如5～6kb,6～8kb等)或酶切文庫。...[繼續(xù)閱讀]

    模板DNA是影響測序質(zhì)量的主要因素,目前大多采用堿裂解法制備;其純化則采用乙醇法、濾膜法、磁珠法等方法。2001年,安瑪西亞公司推出了一種全新概念的模板制備方法——滾環(huán)復(fù)制法(RollingCircleAmplification,RCA)。它是利用噬菌體Phi2...[繼續(xù)閱讀]

    測序反應(yīng)是影響測序質(zhì)量的另一主要因素。目前常用的測序試劑主要有安瑪西亞公司的ET末端標(biāo)記試劑盒和ABI公司的BigDye末端標(biāo)記試劑盒。影響測序反應(yīng)質(zhì)量的主要因素有模板的質(zhì)量、測序試劑與模板及測序引物三者之間的用量比例...[繼續(xù)閱讀]

    樣品進(jìn)樣量的多少會影響測序的質(zhì)量:進(jìn)樣量過多會延遲出峰時間,甚至引起毛細(xì)管堵塞;進(jìn)樣量過少則會使信號過弱,導(dǎo)致測序背景雜峰過高。...[繼續(xù)閱讀]

    常用的數(shù)據(jù)處理軟件包為美國華盛頓大學(xué)P.Green小組開發(fā)的PhredPhrap軟件包。它主要有數(shù)據(jù)收集、堿基識別、質(zhì)量評估、載體去除、拼接組裝等功能。全基因組霰彈法策略的技術(shù)難點(diǎn)在于對海量序列數(shù)據(jù)的處理,尤其是對于重復(fù)序列含...[繼續(xù)閱讀]

    1.賀林.解碼生命——人類基因組計劃和后基因組計劃.北京:科學(xué)出版社,20002.吳乃虎.基因工程原理(第二版).北京:科學(xué)出版社,20013.J.薩姆布魯克,E.F.弗里奇,T.曼尼阿蒂斯.分子克隆實(shí)驗(yàn)指南(第二版).北京:科學(xué)出版社,19924.王關(guān)林,方宏筠...[繼續(xù)閱讀]

    PubMed(網(wǎng)址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi(NationalLibraryofMedcine,縮寫NLM)是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館開發(fā)的基于網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的查詢系統(tǒng)。它提供免費(fèi)查詢MEDLINE、PREMEDLINE及其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫,其中MEDLINE收集了20世紀(jì)60年代中期以來生命科學(xué)期刊...[繼續(xù)閱讀]

    主要包括以下四方面內(nèi)容:(1)Limits限定檢索的特定領(lǐng)域、年齡組、性別、研究類型、Entrez或出版日期、語種、文獻(xiàn)類型等。(2)用History瀏覽以前的檢索。(3)用Preview/Index顯示引文前預(yù)覽檢索結(jié)果的數(shù)目或從Index中觀看并選擇術(shù)語。(4)用...[繼續(xù)閱讀]