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基因組數(shù)據(jù)分析 共有 124 個詞條內(nèi)容

2.1.3 PubMed顯示(Display)方式

    默認(rèn)概要(Summary)方式顯示(見圖2.4),包含作者、文章標(biāo)題、發(fā)表的期刊號及數(shù)據(jù)庫記錄號。摘要格式(Abstract)顯示內(nèi)容:文獻(xiàn)題目、作者、第一作者單位(地址)、期刊來源(期刊名縮寫、出版日期、卷、頁數(shù))、PMID號、出版類型,非英語文章...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.1.4 練習(xí)

    (1)查找有關(guān)人類SNP分析方法的文獻(xiàn)?(2)查找與植物抗蟲性相關(guān)的文獻(xiàn)?...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.2.1 GenBank

    GenBank數(shù)據(jù)庫是由美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)建立和維護(hù)的,它包含了所有已知的核酸序列和蛋白質(zhì)序列,相關(guān)文獻(xiàn)著作及生物學(xué)詮釋。其數(shù)據(jù)來源于測序工作者直接提交和測序中心提交,以及與歐洲分子生物...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.2.2 EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫

    EMBL由歐洲生物信息學(xué)研究所(EBI)維護(hù),它與GeneBank和DDBJ數(shù)據(jù)共享。該數(shù)據(jù)庫由Oracle數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)管理維護(hù),可以通過因特網(wǎng)上的序列提取系統(tǒng)(SRS)查詢檢索,可用基于Web的WEBIN工具或Sequin軟件提交序列。EMBL網(wǎng)址:http://www.ebi.ac.uk/embl/SRS網(wǎng)址...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.2.3 日本DNA數(shù)據(jù)倉庫(DDBJ)

    該數(shù)據(jù)庫與GenBank和EMBL核酸庫合作交換數(shù)據(jù)。用戶使用其主頁上提供的SRS工具進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索和序列分析,或通過Sequin軟件提交序列。DDBJ網(wǎng)址:http://www.ddbj.nig.ac.jp/練習(xí):(1)NCBI迄今已收集多少條水稻EST序列?(2)利用NCBIEntrez及SRS分別搜索ki...[繼續(xù)閱讀]

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2.3.1 基因組數(shù)據(jù)庫(GDB)

    GDB為人類基因組計劃(HGP)保存和處理基因組圖譜數(shù)據(jù),其目標(biāo)是構(gòu)建關(guān)于人類基因組的百科全書。GDB人類基因組區(qū)域包括基因、克隆、PCR擴(kuò)增標(biāo)記、斷點、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、易碎位點、EST序列、綜合區(qū)域、重疊克隆群及重復(fù)序列;人類基...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.3.2 基因組數(shù)據(jù)主要資源站點

    EntrezGenome網(wǎng)址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=GenomeTIGRdatabases網(wǎng)址:http://www.tigr.org/tdb/GenBankFTPServerftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.3.3 練習(xí)

    (1)查找與人類疾病相關(guān)的基因(如P53基因),指出它在染色體上的具體位置。(2)下載與人類癌癥相關(guān)基因的核酸序列。...[繼續(xù)閱讀]

基因組數(shù)據(jù)分析

2.4 氨基酸序列數(shù)據(jù)庫

    介紹氨基酸序列數(shù)據(jù)庫GenBank,SWISS-PROT使用方法。掌握如何查詢并獲取特定氨基酸的序列。相關(guān)網(wǎng)址:GenBankProteinhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=ProteinSWISS-PROTatExPASy(無冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫)http://us.expasy.org/sprot/自然界真實存在的蛋...[繼續(xù)閱讀]

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2.5 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB

    介紹蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB使用方法。掌握如何查詢并獲取特定蛋白的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。相關(guān)網(wǎng)址:PDBhttp://www.pdb.org/用X衍射及核磁共振方法確認(rèn)的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集。OWL(復(fù)合蛋白序列數(shù)據(jù)庫)http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/OWL/PROSITE(Motif數(shù)...[繼續(xù)閱讀]

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